Historia Wydziału Zootechnicznego swymi korzeniami sięga do powstałego w 1890 r. Studium Rolniczego przy Wydziale Filozoficznym Uniwersytetu Jagiellońskiego, na którym już w 1891 r. utworzono Katedrę Hodowli Zwierząt Domowych i Mleczarstwa. Jej kierownictwo objął Leopold Adametz, pierwszy profesor hodowli zwierząt na Studium Rolniczym. W 1910 r. powołano Katedrę Fizjologii i Żywienia Zwierząt, która swoją działalność rozpoczęła w 1917 r., z chwilą objęcia kierownictwa przez Feliksa Rogozińskiego. W 1922 r. powstała II Katedra Hodowli Zwierząt Domowych i Mleczarstwa.

W 1923 r. Studium Rolnicze zostało przemianowane w Wydział Rolniczy UJ. W 1924 r. powstała Katedra Ichtiobiologii i Rybactwa pod kierownictwem Teodora Spiczakowa. W 1931 r. przemianowano I Katedrę Hodowli Zwierząt i Mleczarstwa na Katedrę Ogólnej Hodowli Zwierząt, a jej kierownikiem w 1934 r. został Teodor Marchlewski. Natomiast II Katedra Hodowli Zwierząt Domowych i Mleczarstwa, którą od 1925 r. kierował Roman Prawocheński - pierwszy doktor honoris causa Wydziału Zootechnicznego (1963 r.), przemianowana została na Katedrę Szczegółowej Hodowli Zwierząt.

Po II wojnie światowej, w 1947 r. utworzono Katedrę Zoologii i Entomologii Stosowanej, której kierownikiem został Jan Zaćwilichowski. W 1951 r. powstała Katedra Zoohigieny (kierownik - Władysław Bielański), a Katedra Fizjologii i Nauki Żywienia (wcześniej: Katedra Fizjologii i Żywienia Zwierząt) podzielona została na dwie nowe: Katedrę Fizjologii Zwierząt (kierownik - Zygmunt Ewy) i Katedrę Żywienia Zwierząt (kierownik - Zbigniew Kamiński). Te cztery Katedry, wraz z Katedrą Hodowli Ogólnej Zwierząt i Katedrą Szczegółowej Hodowli Zwierząt, tworzyły na Wydziale Rolniczym UJ Instytut Produkcji Zwierzęcej.

W dniu 1 września 1953 r. powołano do życia samodzielną Wyższą Szkołę Rolniczą z Wydziałami: Rolnym i Zootechnicznym, na który to przeniesiono z dawnego Wydziału Rolniczego UJ Katedry tworzące Instytut Produkcji Zwierzęcej oraz powołano dwie nowe Katedry: Anatomii Zwierząt i Rybactwa. W strukturze nowo powstałego Wydziału Zootechnicznego znajdowało się zatem osiem Katedr: Anatomii Zwierząt, Rybactwa, Zoologii, Fizjologii Zwierząt, Żywienia Zwierząt, Zoohigieny, Ogólnej Hodowli Zwierząt oraz Szczegółowej Hodowli Zwierząt, w której to Katedrze utworzono Zakłady Hodowli: Bydła, Drobiu, Koni, Owiec i Trzody Chlewnej. Pierwszym Dziekanem Wydziału Zootechnicznego został prof. dr Juliusz Jakóbiec.

W początkowym okresie (do 1963 r.) Wydział nie prowadził własnej rekrutacji na studia. Naboru dokonywano wśród studentów III roku Wydziału Rolnego (od 1958 r. przemianowanego na Wydział Rolniczy), którzy wybrali specjalizację z zakresu hodowli zwierząt i przyjmowano ich na studia zootechniczne inżynierskie i magisterskie. Dopiero od roku akademickiego 1963/64 rozpoczęto rekrutację studentów na I rok Wydziału Zootechnicznego, zaś w roku 1964/65 powołane zostały studia zaoczne dla pracujących (inżynierskie i magisterskie).

Przez pierwsze dwadzieścia lat działalności Wydziału na studiach stacjonarnych obowiązywał dwustopniowy system studiów (8-9 semestrów - studia inżynierskie i 3 semestry - studia magisterskie dla inżynierów, którzy uzyskali średnią ocen przynajmniej 4,0). Dopiero od roku akademickiego 1974/75 wprowadzono jednolity 5-letni system studiów. Przez kilka lat studentów kształcono też w Punktach Konsultacyjnych Wydziału w Częstochowie (utworzonym w 1968 r.) oraz Wojniczu (1977 r.). Od roku akademickiego 2006/2007 na Wydziale realizowany jest, zgodnie z zaleceniem sygnatariuszy "Karty bolońskiej" trójstopniowy system kształcenia studentów, obejmujący studia inżynierskie (licencjackie), magisterskie i doktoranckie.

Wydział Zootechniczny od samego początku przywiązywał dużą wagę do kształcenia kadry naukowo-dydaktycznej, dlatego już w dwa lata od jego powołania uzyskał uprawnienia do nadawania stopnia doktora nauk rolniczych. Intensywny rozwój kadry naukowej uznanej w kraju i za granicą spowodował, że w roku 1968 Wydział nabył uprawnienia do nadawania stopnia doktora habilitowanego nauk rolniczych w zakresie zootechniki.

Dorobek naukowy i dydaktyczny Wydziału tworzyło wielu wybitnych uczonych, takich jak: Leopold Adametz (1861-1941) - pierwszy profesor hodowli zwierząt na Studium Rolniczym UJ; Walerian Klecki (1868-1920) - autor cennych prac z zakresu mleczarstwa i hodowli bydła; Roman Prawocheński (1877-1965) - jeden z najwybitniejszych zootechników polskich; Feliks Rogoziński (1879-1940) - autorytet w zakresie fizjologii i żywienia zwierząt; Teodor Spiczakow (1879-1946) - ichtiobiolog, prekursor badań nad chorobami ryb; Teodor Marchlewski (1899-1962) - rektor UJ, współorganizator WSR, autor podręcznika "Genetyka zwierząt"; Stanisław Jełowicki (1899-1972) - ogromnie zasłużony dla rozwoju hodowli owiec w Polsce; Juliusz Jakóbiec (1905-1968) - specjalista z zakresu hodowli bydła, organizator i pierwszy dziekan Wydziału Zootechnicznego; Władysław Bielański (1911-1982) - twórca polskiej szkoły biologii rozrodu zwierząt; Zygmunt Ewy (1913-1994) - autor wielokrotnie wznawianego podręcznika "Zarys fizjologii zwierząt"; Helena Bączkowska (1910-1995) - wybitna specjalistka z zakresu hodowli i żywienia drobiu.

W trakcie swej historii Wydział Zootechniczny nieustannie się rozwijał i przekształcał, dostosowując swój profil badawczy i dydaktyczny do nowych wyzwań, wzbogacając tematykę badawczą i poszerzając ofertę dydaktyczną dla studentów. Przekształcony w roku 1998 na Wydział Hodowli i Biologii Zwierząt, stał się kolejno Wydziałem Akademii Rolniczej (na którą w roku 1972 przemianowana została Wyższa Szkoła Rolnicza), a następnie - od roku 2008 - Uniwersytetu Rolniczego (w roku 1978, z okazji jubileuszu 25-lecia, Uczelnia otrzymała imię patrona Hugona Kołłątaja).

Opracowano na podstawie tekstu przygotowanego przez prof. dr hab. Jerzego Niedziółkę, opublikowanego w 1998 r. w wydaniu specjalnym Biuletynu Informacyjnego AR w Krakowie pt. "Jubileusz 45-lecia Wydziału Zootechnicznego Akademii Rolniczej im. Hugona Kołłątaja w Krakowie".